人類の未来に大いなる脅威が迫る。その時、立ち上がったのは、人知れず平和のために闘い続けてきた9人のサイボーグたちだった。石ノ森章太郎が生み出した永遠のヒーロー「サイボーグ009」が、フル3DCGアニメーションという新たな姿で再誕する。総監督は、「攻殻機動隊S.A.C.」シリーズを手掛けた神山健治。監督は『蒼き鋼のアルペジオ -アルス・ノヴァ-』（助監督）を務めた柿本広大。キャラクターデザインは『楽園追放 -Expelled from Paradise-』で注目を集めた齋藤将嗣が手掛ける。新たな敵、新たな技術、新たなスタッフが「サイボーグ009」の世界を加速させる！